ولد نعيم قاسن سنة 1953 في منطقة البسطة التحتا في بيروت وتعود أصول عائلته إلى كفرفيلا، في جنوب لبنان ذي الأغلبية الشيعية. وهو متزوج ولديه ستة أطفال.

وعُيّن نعيم قاسم نائبا للأمين العام في عهد الأمين العام السابق لحزب الله عباس الموسوي، الذي اغتيل في هجوم بطائرة هليكوبتر للاحتلال عام 1992، وظل في المنصب عندما تولى نصر الله قيادة الجماعة.

وبدأ نشاطه السياسي في حركة أمل الشيعية اللبنانية، التي تأسست عام 1974. وترك أمل عام 1979، في أعقاب الثورة الإسلامية الإيرانية، التي شكلت الفكر السياسي للعديد من الناشطين الشيعة اللبنانيين الشباب. وشارك في الاجتماعات التي أدت إلى تشكيل حزب الله، الذي أسسه الحرس الثوري الإيراني عام 1982.